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NP_Trackback v2.03 jp3では、標準でTrackBackのURLを短く表示(短縮化)することができます。

しかしwikiにはノーマルURLとFancyの場合しか書いておりませんので、NP_MagicalURLの配布元としては書いとくべきかなと。
＃ほんとはリクエストがあった（笑

最初に注意しなければいけないのは、wikiのトラックバックURLの短縮化に書かれている<%sitevar(url)%>や<%itemid%>といった変数はスキン/テンプレート変数ですので、NP_TrackBackのオプション内に記述する独自テンプレートには使えません。

短縮化を行う場合は、TrackBackURLを表示する部分をスキンへ記述する必要がありますので注意。
（テンプレートでもできるとは思いますが、<%sitevar(url)%>はスキン変数なので工夫が必要かと思います）

以上のことをふまえて、手順としては2つ。
+スキンに記述するTrackBackURL(通常は<%TrackBack(url)%>となっているもの)を以下のように変更
<%sitevar(url)%>item_<%itemid%>_trackback.html
+.htaccessに以下の記述を追加
RewriteRule ^item_([0-9]+)_trackback.html+ index.php?itemid=$1&format=trackback

以上、結構思ったより簡単でした。