すみません。ページ生成がおかしくなってるため、一部表示できないページがあります。
URL生成がMagicalにならない…。
サブディレクトリのBlogはMagicalで生成されているのになんでだろう？？
左側のメニューがほとんど使えません。
夜まで作業できませんので、それまでお待ち下さい…。直るかなぁ？？

お昼休みに、FTPのつながる別回線から作業して直りました～～。
index.phpの記述が

$CONF['Self'] = 'index.php';

だったんですが、

$CONF['Self'] = '.';

にしたら直りました…。あれぇ？前からそうだったっけ…。
手元にあったファイルとアップしてたファイルの内容が違ったのだろうか…。