まみおさんからコメントをいただいた通り、TrackBackした相手先での自URLがおかしくなる件。
スラッシュが二個出てしまう点は教えてもらったので修正してみました。

ということで、自サイトにテスト。

しかし、「//」を書き換えると、http://の「//」も書き換えてしまうため、まみおさんから教えてもらったソースを元に以下のように修正。

globalfunctions.phpのfunction addLinkParamsの中の、最後の
return $link;
の直前に、
if(strstr ($link, '//')){ $link = str_replace(".com//", ".com/", $link);}
を追加

力業なので、他のサイトだと「.com」を自分にあわせて書き換える必要があります。