まみおさんからコメントをいただきまして、とても楽に修正ができたんですが、一応メモ。

2003/12/4書き換えて図を削除。

標準でのレイアウトを図にするとこんな感じ。

全てのレイヤーをposition: absoluteで位置指定しています。
これだとIE6のバグにかかり、文字選択がまともにできなくなります。

なので、こう変更しました。
コンテンツ部分（肌色）を左からマージン指定して、そこに左ペインを重ねて置いているイメージになります。

・・・図にしてみましたがわかりにくい？図が下手ですからねぇ。

具体的にはまみおさんのコメント通りに、
default.cssの
.contents{
position: absolute;
left: 200px;
width: 550px;
}
を
.contents{
margin-left: 200px;
width: 550px;
}
にしたと。

ただし、これだと画面領域が小さくなったときにコンテンツ部分が小さくなってしまう。
できればメニューとコンテンツは画面領域によって相対的に大きさを変更したいので結局以下のように変更。

.menu {
float: left;
width: 20%;
}
.contents {
float: right;
width: 60%;
}